Именно Джиро раскрыла миру проблему допинга. Но если в предыдущем году 10 положительных проб затронули в основном гонщиков второго плана, то в 1969 году в использовании допинга уличен гонщик номер один - Эдди Меркс.
На первых двух этапах победы одержали - Джанкарло Полидори и Давиде Бойфаве, первый в Брешии, второй в Мирандоле. Затем два этапа подряд выиграл Меркс - 4-й этап между Мирандолой и Монтекантини, и на 5-м этапе индивидуальную гонку на время, где он опередил Франко Битосси на 23 секунды, чемпиона мира Адорни на 26 секунд.
Меркс выиграл и 7-й этап, но лидером общего зачета продолжал оставаться Полидори. На 9-м этапе победу одержал Микеле Данчелли, а Меркс становится новым лидером гонки. В течение трех этапов Людоед оставался в розовой майке лидера, затем он уступил ее Сильвану Скиавону, но уже на 14-м этапе майка лидера вновь вернулась к Мерксу. День спустя, в индивидуальной гонке на время протяженностью 49,3 км, Меркс выиграв этап, привозит в общем зачете Джимонде 1 минуту 7 секунд, Оле Риттеру 2 минуты 56 секунд.
Казалось бы, победа на Джиро уже у него в руках, но на 16-м этапе его допинг-проба показала положительный результат (на фенкамфитамин). На следующий день, 2 июня, его сняли с гонки, а Джимонди стал новым лидером.
Меркс был Дисквалифицирован до 1 июля. В интервью телевизионному каналу, со слезами на глазах он сказал: Я думаю, что пробирки подменили . Существует теория - это был заговор. Джиро потрясена. Меркс и его команда Faema сошли, Джимонди отверг розовую майку и надел майку чемпиона Италии.

Королевский этап, проходящий в Доломитах, был аннулирован из-за непогоды, Торриани остановил гонку в Фиера ди Пимиеро. Без Меркса, Джимонде выиграл Джиро без особых проблем.