Профессиональную карьеру начал в 1996 году. Выступал за команды Ликуигаз , Фасса Бортоло , Де Нарди , Домина Ваканца , T-Mobile .

В 2007 году был отстранен от гонок немецкой командой T-Mobile , из-за подозрений в употреблении допинга. В последствии эти подозрения не подтвердились, немецкая команда вообще перестала существовать, а сезон для уже не молодого Сергея был потерян
впустую.
Сезон 2008 года Сергей Гончар проведёт в итальянской команде Preti Mangimi . Слухи о трудоустройстве опытнейшего Гончара в команде Священников появились в конце прошлого года, а в начале января менеджер команды Марино Бассо официально подтвердил переход Сергея в его команду. Кроме Сергея эта команда также усилилась, приобретя в межсезонье итальянца Сальваторе Комессо.
Конечно, учавствовать в большом количестве элитных гонок, равно как и в гранд турах, у команды Сергея шансов, практически, нет. Однако, пожелам удачи нашему ветерану велосипедных гонок, удачи в тех соревнованиях где он будет учавствовать, а главное хорошо подготовится к олимпийским играм в Пекине! И порадовать нас там, победой в его любимой гонке с раздельным стартом.