Команда создана бывшим профессиональным французским велогонщиком Сириллем Гимаром в 1996 году. Из известных гонщиков состав были приглашены Маурицио Фондриест, Тони Ромингер, Бобби Джулич и Лэнс Армстронг, который был вынужден уйти из команды из-за обнаружения у него рака. В 1997 году дебютировала в соревнованиях.

Гимар покинул свой пост в 1998 году, новым генеральным директором стал Ален Бондю, а Бернар Кильфен новым менеджером.

В 1999 году бразды правления командой принимает Ален Делёэль. В 2002 году Франсис Ван Лондерсель, бывший заместитель Делёэля, стал спортивным директором.

11 марта 2003 года на втором этапе велогонки Париж — Ницца разбился гонщик команды казахстанец Андрей Кивилёв. 12 марта он скончался не приходя в сознание[1].

В 2004 году за Cofidis выступали три действующих чемпиона мира: Игорь Астарлоа — чемпион мира в групповой гонке, Дэвид Миллар — в гонке с раздельно старта и Лоран Гане — на треке. В том же году велогруппа оказалась замешана в допинг-скандале[2]. Миллар впоследствии был уволен[3].

25 июля 2007 года велогонщик Кристиан Морени не прошёл допинг тест после 11-го этапа Тур де Франс. В его крови били обнаружены следы тестостерона. Команда снялась с участия в туре[4][5].

29 сентября 2009 года Международный союз велосипедистов решил не продлевать лицензии ProTour Cofidis и Bbox Bouygues Telecom из-за слабых спортивных результатов.