Вторая мировая война прервала на пике карьеру многих гонщиков. После войны La Gazzetta dello Sport возобновляет розовую гонку. Джиро стартует 15 июня 1946 года, спустя двое суток после того, как страну покинул четвёртый и последний король Италии из Савойской династии Умберто II, а Италия провозглашена парламентской Республикой.
На пятом этапе Фаусто Коппи падает на спуске, но успевает догнать Бартали, выигрывает этап в спринте. Позже стало известно, что у него сломано ребро, он отказался сойти, и продолжил гонку.
13 этап гонки был аннулирован - разгорался конфликт между Италией и Югославией, участники гонки попали в засаду, их встретили камнями и даже звучали выстрелы. На финиш в Триесте, гонщики прибыли на грузовиках.
Коппи выигрывает 14 этап, вновь опередив Бартали в спринте. На следующий день выигрывает королевский этап в Доломитах. За 35 км до финиша Коппи атакует на подъеме Фальцарего, у него было 5 минут преимущества. Бартали не сдался, работая на пару с Альдо Бини, они сократили разрыв до 1 минуты 12 секунд.
Оставшихся этапов Коппи не хватило, он не смог сократить 47 секунд, и закончил Джиро на второй позиции. Большим сюрпризом стала победа Джино Бартали в финальной классификации, это действительно был большой успех, ведь Бартали было 32 года, во время войны он провел около трех лет в плену, и не имел возможности для постоянных тренировок.
Но не только Бартали, Коппи и Ортелли были отмечены в летописи Джиро этого года. Впервые была вручена черная майка, ее обладателем стал Луиджи Малаброкка, он закончил гонку, проигрывая Бартали 4 часа 9 минут и 34 секунды.